Hola Jesus, por lo que comentas lo que tienes mal configurados son los pasos por milímetros del eje Z, no se si has sido tu el que has cargado el firmware en tu placa o ya te venia cargado, de todas formas para solucionar el problema vas a tener que cambiar valores del firmware y cargarlo de nuevo. Esto es lo que debes modificar:
#define DEFAULT_AXIS_STEPS_PER_UNIT {80, 80, 4000,100}
Como puedes ver hay 4 numeros al final, cada uno hace referencia al eje X, Y, Z y extrusor, en el ejemplo que te indico para el eje Z pone 4000 que es lo que hay que tener si los pololus lo tienes configurados con una resolución de 1/16 y tienes varillas de métrica 5 en el eje Z.
Si quieres indícame que tienes tu y te digo que es lo que debes poner para que vaya bien, aunque si dices que te sale el doble de grande lo que debes poner es la mitad de lo que tengas (si tienes la versión del firmware de tu impresora).
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