Hola!! esto que planteas no es posible mas que nada por que no se ha preparado la impresora para tal fin, ahora mismo sería posible imprimir en varios colores con varios extrusores pero se van turnando para añadir cada uno la parte que el corresponde. También es posible imprimir en varios colores con un solo extrusor, para eso hay que realizar un cambio de filamento, esto te permite imprimir en varios colores siempre que sean capas diferentes (no es posible imprimir en la misma capa con dos colores si se tiene solo un extrusor).
Creo que lo que planteas se podría hacer si puenteas dos extrusores, me explico... si tu pones en paralelo el motor de los dos extrusores y el hotend ambos van a hacer lo mismo, por lo que podrías imprimir dos piezas al mismo tiempo siempre que las boquillas esten separadas par que las piezas no choquen unas con otra.
¿si no me equivoco es esto lo que quieres hacer no? en principio sería sencillo, pero la pieza (por la separación de las boquillas del hotend) no sería muy grande.
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