Hola riky11, no se si habrá alguna opción para borrar el programa de Arduino y dejarlo como salido de fabrica, pero siempre puedes escribir encima un nuevo programa, puedes escribir un programa vacío si lo que quieres es que no tengan nada, para eso simplemente pon las dos funciones básicas de Arduino.
void setup()
{
}
void loop()
{
}
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